(1)中央集權的軍事領導體制
秦朝統一後，秦王贏政首創皇帝制度，自稱始皇帝，確立了皇帝在整個社會生活中至高無上的地位。皇帝執掌全國最高軍事權力。形成於戰國時期的璽、符、節制度，從此成為皇帝控制軍隊的重要工具。全國各地軍隊的調發，將帥兵權的授予，都以皇帝的虎符為憑證。皇帝下面，中央機構設有國尉(也稱太尉)，作為全國武官之長，有帶兵權，而無調兵權。中央還設有郎中令、衛尉和中尉。郎中令負責皇帝警衛，所屬都是軍官，有郎中、騎郎之稱，是皇帝的貼身侍衛。衛尉所率軍隊，屯駐於皇宮四周，負責宮門守衛和晝夜巡邏。中尉所率部隊屯駐京城內外各要點，負責首都安全，是秦軍主力。國家有事發兵時，皇帝往往臨時指派將軍統軍，事畢即解除兵權。各級地方機構也設有主管軍事的職官。郡設郡尉，縣設縣尉，鄉設遊徼〔jiao教〕。國尉、中尉、衛尉、郡尉均由皇帝親自任免。這樣，從中央到地方，形成一套完整的以皇帝為最高領導的高度集權的軍事領導體制。這種體制在中國延續了2000年。在封建社會上升時期，這種體制對鞏固國家統一，維護社會穩定，發展封建社會生產力，起到了積極作用，具有進步意義。
(2)全國統一軍隊的建立
秦朝統一後，國家建立了統一的軍隊。它由皇帝警衛部隊(郎中令和衛尉率領)、都城衛戍部隊(中尉率領)、邊防部隊(邊郡都尉統率)和郡縣地方部隊(郡尉和縣尉統率)四部分組成。如果爆發戰爭，也可能臨時組建部隊。如秦末農民大起義爆發後，秦二世就命令少府章邯將修建驪山的數十萬刑徒武裝起來，鎮壓起義。
秦朝軍隊的編組形式是部曲制。每部下屬若干曲。曲以下有千人(長官稱二五百主)、五百人(長官稱五百主)、百人(長官稱百將)、五十人(長官稱屯長)、五人(長官稱伍長)等建制。陳勝、吳廣在舉行起義前所任的職務就是屯長。
秦朝軍隊以步兵為主，同時還有強大的騎兵和水師。秦始皇陵兵馬俑的發現，證實了秦朝軍隊的強大。而史料上記載的秦始皇三十三年(公元前214年)屠睢率50萬水軍南攻百越，則說明了秦朝水師的發展。
秦朝的步兵稱材官，騎兵稱騎士，水軍稱樓船士，車兵稱輕車。
步兵是秦朝軍隊的主要兵種，有輕裝步兵和重裝步兵兩種。前者不穿鎧甲，戰時在前排，以弓弩殺傷遠距離敵人；後者著鎧甲，戰時在後排，待與敵接近時，以戈、矛、戟、殳等武器與敵格鬥。輕裝步兵與重裝步兵的區分，是由武器裝備和戰鬥需要決定的，這在軍制發展史上是一個進步。
秦朝的騎兵，已配備齊全的鞍韉〔jian尖〕，但馬蹬還沒有出現。沒有馬蹬，騎士兩腳懸空，沒有著力點，不利於馬上格鬥，所以秦軍騎兵只裝備弓箭，適合遠距離作戰。現代影視作品中有秦代騎兵裝備馬蹬進行馬上格鬥的場景，不符合歷史，是一種誤解。
(3)郡縣徵兵制的全面推行
秦朝的兵役制度是徵兵制。秦律規定，男子17歲必須到國家機關登記(稱為“傅籍”)，承擔服兵役的義務，直到60歲。凡到傅籍年齡者一律服兵役二年，一年在本郡，一年在京師或邊疆，稱為正卒。另外，每年還必須在本郡縣服役一個月，主要是修城、築路、運送軍需等軍事性勞役，稱為更卒。由於秦朝多次大規模用兵，實際上徵兵時並未完全按制度行事，而是為滿足戰爭需要，無限制地強行徵兵，並同時無限制地役使未當兵的農民，為秦朝修宮殿、建陵墓、築長城。如修築驪山陵役使刑徒和奴隸70餘萬，北築長城動用民力40餘萬，南戍五嶺又用50萬人，據估計，秦朝服役的人每年在300萬人以上。這一做法直接導致了階級矛盾的激化。農民階級由於不堪重壓，被迫起義，秦王朝在農民起義的大風暴中很快地走向滅亡。
(4)軍事交通和軍事通訊制度
秦朝為加強國防建設，修建了直道、馳道和五尺道等軍用道路。直道是秦始皇命令大將蒙恬修築的一條從咸陽經過雲陽(今陝西淳化縣北)、上郡(今陝西北部)直達九原(今內蒙包頭市西北)的軍用道路。馳道以京師咸陽為中心，通往全國各地。馳道寬50步，路面經過夯實，路旁每三丈植樹一株。五尺道是由四川盆地通向雲貴高原的軍用道路。這些道路的修築，對鞏固秦朝的統治起到了重要作用。
秦朝還在這些道路的沿線建立了大量的亭、烽燧和郵驛等設施，形成一套較為完備的軍事通訊制度。
亭是用於防守和瞭望的軍事設施。秦在邊境沿線和內地各軍事要道上設亭。亭的任務除守望外，還要承擔接待過往軍人、官吏，監送服役人員前往役所和追捕盜賊、維持治安等任務。內地人煙稠密地區，一般每10裡設一亭，邊境人煙稀少地區則30裡設一亭。亭置亭長一人，亭父、求盜各一人，直屬縣尉。亭與亭之間有通道相連。綿延相續，便於交通聯絡。
烽燧也稱烽火臺，是邊防報警設施。秦朝在邊境線及邊境線與各級邊防指揮部之間均設有烽燧。大致每30裡設一個，有燧長一人、燧卒數人，由邊防戍守部隊派出。烽燧設在高地，築樓約五丈高，樓上樹著一根三丈長的木杆，杆頂頭吊一橫杆，杆上繫著一個內裝柴草的籠子，一有情況，立即按規定信號點燃籠草報警。白天發煙，晚上舉火。相鄰烽燧一見煙火，便立即依次傳遞。舉火或發煙的同時，還要按預定信號擂鼓，向烽燧附近的亭塞報告，使戍守部隊能迅速作出反應。由於亭燧的任務密切相關，所以有亭又有燧的地方，兩者往往結合在一起。
郵驛制度起源於西周，秦代趨向完備。郵是徒步通訊，驛是乘馬通訊。大致是五里一郵舍，30裡一驛站。傳遞和接受文書，都要登記收發的時間，以備核查。機密的軍事文書一般不讓驛卒或郵卒傳遞，而是由軍官或士兵專程傳送，沿途只換驛站準備的馬，而不換人。由於郵驛的完備，秦代文書的傳遞速度很快，一天可傳500裡。
(5)軍功爵制及其對秦朝的影響
秦自商鞅變法，實行“利祿、官爵專出於兵”的政策，這就是著名的軍功爵制。這一制度，當時曾動員秦國軍民“竭其股肱之力，出死力為上用”，使秦國“兵無敵而令行於天下”，對最後統一六國起了積極作用。秦統一後，這一制度仍堅持實行。李斯當丞相時，依然是“官鬥士，尊功臣”，從而在全國形成一個軍功地主階級。這些軍功地主們，依靠授爵，掌握了各級政權。他們以征戰為常事，以殺人為榮耀，進入和平時期後，便轉化為對農民的極其殘酷的剝削和壓榨。秦朝毫無節制地役使全國民眾，便是其殘暴統治的集中體現。結果，在短短的10多年中，社會矛盾空前激化，廣大人民忍無可忍，被迫揭竿而起，反對暴政。這不能不說是軍功授爵制帶來的反面影響。
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