中華人民共和國成立前，農村的牲畜疫情防治，一直處於落後的狀態，從未設有獸醫機構，一般大畜有病多請民間獸醫以中草藥灌治，小畜則各自用土法治療，遇到流行病如炭疽病、豬瘟、雞瘟等，畜禽的死亡率極高，嚴重危害農村畜牧業的發展。
中華人民共和國成立後，人民政府特別重視疫病防治工作，逐步加強獸醫隊伍建設和疫病預防工作，疫苗不斷更新換代，防疫措施日趨完善，治療技術更加全面、先進。1950年，綏遠省成立獸醫防治隊，直接負責歸綏市的畜疫防治工作。1958年，農村各公社都成立公社獸醫站。為適應防疫工作的需要，1964～1966年，農村各生產大隊都培訓1～2名獸醫，主要進行畜病預防工作，一些技術水平較高和有豐富臨床經驗的獸醫，承擔畜病治療工作，形成公社獸醫站和大隊獸醫組成的防治網。實行生產責任制後，牲畜實行戶養，管理較好，畜禽發病率降低。社辦獸醫站大都實行自負盈虧的管理體制，大隊獸醫有的採取承包方式，有的由村民按戶攤銷，防治工作資金得不到保證，多數獸醫站名存實亡。1983年，市財政撥出公助費促進畜禽防疫工作，使農村畜禽疫情防治水平得到提高。1999年，回民區農村畜禽防疫工作全面落實《中華人民共和國動物防疫法》，對重點防治的疫病實行強制免疫，使重點疫病的防治工作得到加強。2004年，呼和浩特市人民政府要求動物防疫體系形成四級政府三級網絡化管理，回民區成立動物疫病防控中心，在攸攸板鎮設立動物防疫工作站，在各行政村設防疫員，動物防疫體系初步建立。為防止注射疫苗給奶戶帶來不必要的損失，回民區又相應建立“奶牛風險資金專戶”，即在注射疫苗後出現死亡、流產等，由政府出面賠付一定的金額，確保防疫工作的可持續性。至2005年，回民區已查清的畜禽傳染病30餘種，常見的10餘種得到有效的防治。
口蹄疫 為一類動物疫病。口蹄疫俗稱口瘡，是由口蹄疫病毒引起的一種偶蹄獸急性發熱性接觸性傳染病。其主要症狀是口腔、蹄部和乳房發生特徵性水泡和潰爛。自然流行中以純種乳牛最易感染，其次是豬，再次是羊和駱駝。2000年後，此病為主要預防的病種之一，每年都要進行春、秋兩次防疫工作，奶牛實行一年三免（一年進行三次口蹄疫免疫），免疫密度100%，口蹄疫得以控制。2004年，亞洲I型口蹄疫傳入中國，回民區人民政府迅速對境內的豬、牛、羊進行亞I型疫苗免疫，預防境內牲畜感染此病。
豬瘟 為一類動物疫病。是由豬瘟病毒引起的一種高度傳染性疾病，其特徵為急性經過、高熱稽留。傳染性強、死亡率高。回民區每年定期接種豬瘟疫苗1次，預防該病的大規模發生。
禽流行性感冒 又稱雞瘟，屬一類動物疫病。是家禽的一種急性高度致死性傳染病。2004年春天，全國大範圍暴發禽流感，回民區積極組織預防，對境內所有家禽進行註冊登記，期間共對21 747羽家禽進行緊急注射，100%免疫注射。一個多月後，解除封鎖。以後每年防疫工作中對家禽均注射此疫苗。
牛皮蠅蛆病 為三類動物疫病。是由牛皮蠅和紋皮蠅的幼蟲寄生在牛的背部皮下組織而引起的一種慢性寄生蟲病。這類疾病在農村較常見，受侵害牛較多。2000年，回民區把牛皮蠅驅治作為一項防治疫病的主要工作，印發《做好牛皮蠅蛆病防治工作的通知》，防疫完成1 508頭，並於2002年通過內蒙古自治區防治牛皮蠅蛆病小組驗收，回民區牛皮蠅蛆病發病率為1%以下，成為呼和浩特市第一批通過驗收的5個地區之一。
狂犬病 為二類動物疫病，俗稱瘋狗病。是由狂犬病病毒引起的人畜共患的急性傳染病。其特徵是患病動物神經興奮意識障礙，繼之局部或全身麻痺而死，人和各種畜禽均有易感性，一旦發病死亡率高達100%。該病潛伏期一般為6個月，短的為10天，長的可達一年以上。2005年2月12日，呼和浩特市人民政府下達《呼和浩特市養犬管理規定》，要求養犬辦理養犬證，回民區於同年9月1日授權兩家寵物醫院進行疫苗注射，協助公安機關辦理養犬證。
布魯氏桿菌病 屬二類傳染病。是由布魯氏桿菌引起的一種人畜共患慢性傳染病。主要症狀是母畜流產，公畜睪丸炎和副性腺炎。人患此病，腰腿疼痛，不能勞動。2003年，回民區對境內的奶牛實行全面普查，定期對奶牛進行布病疫苗的注射，發現布魯氏桿菌病後隔離，自然淘汰。
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