明朝的農民起義，從朱元璋時期開始，一直持續到明朝滅亡，幾乎沒有斷過。這些都被一些人選擇性忽視了。究其原因，明朝並不是一個對底層人民友好的朝代，在種種制度和政策的制約之下，明朝老百姓的日子，過的並不舒服。
中國古代的農民，是忍耐性最強的。因為中國古代的普通人民已經習慣了上層的各種壓迫，這種壓迫但凡不要達到某個臨界點，那麼，人民是不會爆發的。但凡有大規模農民起義，必然是因為農民已經到了活不下去，必須揭竿而起的地步了。明朝就是這樣，在洪武年間，廣東，廣西，福建等地相繼爆發大規模的起義，可見明初的某些政策對農民利益的損害很大，其中有一條就是明朝的一些新貴族（主要是跟隨朱元璋打天下的軍人）大量兼併土地，導致了農民的土地被剝奪，嚴重損害了農民的利益。
而到了明朝中後期，土地兼併的問題更加嚴重。因為古代中國，隨著社會發展趨於穩定，土地必然會逐漸集中於少數人手中，這些人或是原先的富農，或是朝廷的官員，土地來源則是通過在災年地價購買農民土地，自由買賣，或者皇帝賞賜以及暴力兼併。如此一來，明朝中後期又多了一類人，叫流民。流民，由失去土地的農民和出逃的賤籍人組成，這些人四處流竄，沒有固定工作，沒有收入來源，對明朝社會的穩定造成了巨大的危害。
明朝還有一種制度，即嚴格的戶籍制度。明朝的戶籍制度，基本上是完全限制普通人口自由流動的，且對於每一戶的控制非常嚴格。所謂的皇權不下縣，至少在明朝是不太能夠成立的。不僅如此，對於民眾的身份控制，明朝也是相當嚴格。比如，軍戶，世世代代都必須是軍戶，諸如此類，可謂對人身自由限制極大。
最重要的一點，則是明朝的藩王，對百姓剝削的極為嚴重。明朝的藩王制度簡述如下：親王嫡子繼承親王爵位，其餘兒子為郡王，如此類推，朱元璋給自己的十世子孫都留下了爵位，這些人在朱棣之後，不用幹任何事，只用待在家裡拿著明朝政府的錢混吃等死；而有些藩王，居然有自己封地的徵稅權，比如福王朱常洵，在河南有兩萬畝的田地，其中不乏從農民手中巧取豪奪來的，同時他還享有河南等地的徵稅權，可見這些人對於農民的剝削。
所以，在明朝的制度設計下，平民百姓基本沒有任何舒適的生活可言。
大臣們作威作福倒著這種地步，以致簡直沒有一個人可以說自己的財產是安全的，人人都整天提心吊膽，唯恐受到誣告而被剝奪他所有的一切。正如這裡的人民十分迷信，所以他們也不大關心什麼真理，行事總是十分謹慎，難得信任任何人，出於同樣的恐懼，近世的皇上也廢除公開露面的習慣，即使在以前，皇上要離開皇宮禁地之前，不採取成千種防範措施，他們就不敢外出。在這種場合，整個朝廷都處於戒備之下。沿皇帝經過的道路以及與之相同的路上，都密佈著便衣警衛。不僅人們看不見他，而且人們也無從知道他行列裡很多轎子中他到底乘的哪一頂。人們會以為他是在敵國中旅行，而不是在他自己的子民萬眾之中出巡。……號稱皇家血統的人都有公費供奉。目前估計這類人約在六萬以上，而且由於他們還在不斷增長，所以不難想象他們構成多麼大的公眾負擔。由於他們不擔一切公職和行政，他們變成了一個無所事事的階層，沉迷於逸樂的生活而且蠻橫。皇上防範這些人就像對待私仇一樣。……一個不相信自己的人民和親屬的民族，對於無論從四鄰或國外來的外國人都心懷疑懼，看來也就不足為奇了。
以上為《利瑪竇中國札記》中對於明朝的一點描述，管中窺豹，可見一斑。
所以說，說明朝是黑暗的王朝，就站在普通百姓的立場上而言，是沒有任何問題的。
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