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公安機關將案件移送檢察院以後，如果檢察院經審查起訴法院該案件屬於法定不起訴的五種情形，或者犯罪情節輕微、危害不大，又或者是經過二次補充偵查仍然證據不足的案件，那麼就會做出不起訴的決定。
法定不起訴的五種情形如下：
- 情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的；
- 犯罪已過追訴時效期限的；
- 經特赦令免除刑罰的；
- 依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或者撤回告訴的；
- 犯罪嫌疑人、被告人死亡的。
對於檢察院做出的不起訴決定，如果被害人不服的，可以向可以自收到決定書後七日以內向上一級人民檢察院申訴，請求提起公訴。如果上級人民檢察院維持不起訴決定，被害人執意認為應當追究犯罪嫌疑人刑事責任的，可以自行收集證據向人民法院起訴。
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在有被害人的刑事案件中，檢察機關作出不起訴決定後，被害人有以下兩種權利：
一、檢察院在作出不起訴決定後，應當將不起訴決定送達被害人，並向被害人告知其享有申訴權，被害人可以在收到不起訴決定後七日內向作出決定檢察院的上一級人民檢察院進行申訴，請求提起公訴，而受理申訴的人民檢察院應當在複查後將複查決定告知被害人，複查後檢察機關仍維持不起訴決定的，被害人可以自己向人民法院起訴。
二、被害人在收到不起訴決定後，可以不申訴，直接向人民法院提起訴訟，而人民法院將被害人的案件受理後，人民檢察院需要將相關案件材料移送受案的人民法院。（法律規定：《中華人民共和國刑事訴訟法》第一百七十六條）
第一百七十六條 對於有被害人的案件，決定不起訴的，人民檢察院應當將不起訴決定書送達被害人。被害人如果不服，可以自收到決定書後七日以內向上一級人民檢察院申訴，請求提起公訴。人民檢察院應當將複查決定告知被害人。對人民檢察院維持不起訴決定的，被害人可以向人民法院起訴。被害人也可以不經申訴，直接向人民法院起訴。人民法院受理案件後，人民檢察院應當將有關案件材料移送人民法院。
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檢察院做出不起訴的案件有三種情況：
法定不起訴(絕對不起訴)：(1)情節顯著輕微、危害不大，不認為是犯罪的；(2)犯罪已過追訴時效期限的；(3)經特赦令免除刑罰的；(4)依照刑法告訴才處理的犯罪，沒有告訴或撤回告訴的；(5)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；(6)其他法律規定免予追究刑事責任的。
酌定不起訴(相對不起訴):對於犯罪情節輕微，依照刑法規定不需要判處刑罰或者免除刑罰的，人民檢察院可以作出不起訴決定。
證據不足不起訴：對於補充偵查的案件，人民檢察院仍然認為證據不足的，不符合起訴條件的，可以做出不起訴的決定。
