公元前430年的一天，古希臘的史學家修昔底德在他的著作中記載了一次席捲整個雅典的大瘟疫，他寫道：「人們像羊群一樣地死亡著……由於吃了躺得到處都是的人屍，狗、烏鴉和大雕也死於此病。」這場被稱為「城市滅絕者」的雅典大瘟疫是人類歷史上記載比較詳盡的一次重大瘟疫，直接導致了雅典近1/4的居民死亡。
公元2世紀中期，傷寒、天花、麻疹以及中毒性休克綜合症等多種瘟疫一起襲擊了安東尼統治下的羅馬帝國。據說當時羅馬城僅一天就有2000人染病而死，死亡率高達25%。這場持續了十多年的大瘟疫最終導致羅馬本土高達500萬人先後死亡，約佔其總人口的1/3。可以說這場大瘟疫改變了羅馬帝國的命運走向。
十四世紀中葉，當時被稱為「黑死病」的鼠疫疫情在西西里島爆發，不到三年時間它就席捲整個歐洲，並在此後的三百年中多次復發，堪稱人類歷史上最猛烈的疫情。據統計，全歐洲死於「黑死病」的人數大約在2億左右。後來的醫生們常戴著「鳥嘴面具」外出治病，而略顯恐怖的「鳥嘴面具」某種程度上成為了中世紀瘟疫恐慌的代名詞。
後來，天花開始席捲世界，中國也未能倖免。但據考證，中國是世界上最早通過「種痘」的方式提前免疫天花的國家，這種理論應該來源於中醫的「以毒攻毒」。古人通過穿病人衣服、將患者身上膿瘡的漿吸入鼻孔、將患者脫落的痘痂碾成粉並加水後塞入鼻子等方法免疫天花病毒。據說最後一種「水苗法」預防天花的效率可達95%以上。
中國的「人痘」技術傳入歐洲後開始迅速普及，法國國王路易十六就接種過「人痘」。但當時的「人痘」技術還是存在著2%的死亡率，後來被稱為「免疫學之父」的愛德華·詹納就發明了一種更安全的方法——「牛痘」。1979年，世界衛生組織宣佈天花已經從地球上根除，天花成了人類歷史上唯一徹底消滅的惡性傳染性疾病。
其實說實話，愛德華·詹納只是發現了「牛痘」與天花之間的表象聯繫，他的理論很難移植到其他種類的疾病上。是法國人路易斯·巴斯德在微生物學上取得的成就才真正奠基了「疫苗」的誕生，我們常聽到的「巴氏滅菌法」就是巴斯德發明的。他發明的炭疽疫苗和狂犬疫苗從微生物層面證明了研製疫苗的可行性。
19世紀末，結核、瘧疾、霍亂、破傷風、白喉、鼠疫等一系列傳染病病因都在微生物學的幫助下找到了。而1890年，人們相繼發現了凝集素、沉澱素等能與細菌或細胞特異性反應的物質，並將其統稱為「抗體」。抗體和抗原的發現開創了人工被動免疫法的先河。
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