兩岸關係時晴時雨
上世紀80年代，隨著兩岸關係解凍，太平島臺軍與大陸南海駐軍之間的關係也不再那麼劍拔弩張。1988年，解放軍艦隊為收復南沙赤瓜礁，進行了一場閃電式的“3.14海戰”，捍衛了中國主權，當時臺灣“立法委員”就此詢問臺軍將領鄭為元，如果中國大陸為南沙主權作戰，臺灣應該幫誰？鄭為元不加思索便表示，“從理論上講當然是幫中國大陸，畢竟南沙是中國人的土地。”
臺灣島內媒體曾披露，在海戰前，解放軍艦隊曾在太平島水域停靠一週，補充了大量淡水和主副食品。曾服務於臺軍“作戰司令部”的黃姓退役上校也向島內《防衛快門》雜誌回憶：“以前我們也有飛行員落海時受到大陸的協尋，連他們（大陸）的海軍深海救援單位都公開表明願意無條件協助救援臺灣潛艦（艇），這與作戰無關，是基於人道立場……後來我又回到洞裡（指‘作戰司令部’）時，又遇到類似情況，有一陣子，我們的么叄洞（C-130H）要到新加坡，沿途都有共軍在監視，但這也是一種護航動作，菲律賓和越南都不敢再有動作，共軍出面還是有用的。”
此時，臺軍已在島上駐有約120人的海軍陸戰隊，配備M2HB重機槍、“博福斯”40毫米速射炮、“小槲樹”地空導彈等武器，火力在該地區堪稱第一，臺軍還在島上修建了環島防禦工事和樓房，形成一整套完善的防禦體系，太平島還是臺軍陸戰隊兩棲登陸演習的重要場所。該島原有一小型碼頭，但在1977年時因颱風而毀損，此後不重建，補給艦隊每半年去一次，運補時改以坦克登陸艦將LVTP-5兩棲戰車送到近海，再讓戰車把補給品運到島上。因為島小，島上守軍生活相對枯燥，每天幾乎都在保養裝備與釣魚潛水中渡過，為了營造“島孤人不孤”的氣氛，臺軍政戰部門還仿效大陸解放軍的經驗，掀起“袍澤之愛”運動，以凝聚軍心。
然而到了1997年之後，臺灣“總統”李登輝為了推進與東南亞國家所謂“實質邦交”，決定將太平島防務轉交沒有多少武備的“海巡署”。這裡還有一個小插曲，2002年1月11日，駐太平島的“海巡署”下士陳敏郎因眼角膜潰爛，急需送回臺灣開刀，由於太平島距離臺灣遙遠，緩不濟急，臺軍遂動用最先進的“拉斐特”級護衛艦執行“搶救大兵”的任務，最高航速達25節的“拉斐特”艦三天來回1 000多海里，挽救了陳敏郎瀕臨失明的右眼。陳敏郎病癒後表示，自己願意繼續在太平島服役。
“存在”與“實力”
臺灣改換“海巡署”上島，此等“自降身段”的做法不僅未受到東南亞有關國家的響應，反倒在諸多攸關南海爭議的場合裡，臺灣屢遭排斥。過去臺灣派遣海軍陸戰隊駐守太平島之目的，要對付的假想敵還是中國大陸，至於越南、菲律賓在武裝衝突中襲佔太平島的幾率，臺灣自認為不高。但隨著南海地緣戰略價值的提升，臺灣逐漸意識到恢復太平島駐軍是必要的選項。
2007年底，由於太平島機場完工，臺灣“國防部”聲稱是基於“國土永續經營”及“人道救援”考慮，將太平島現有的中央道路拓寬加厚，變成長約1 150米、寬約30米的道路，平時作為人車主要交通幹道，緊急時供飛機起降。島內媒體聲稱，臺灣當局在太平島興建機場，很大原因與2001年4月中美軍機在南海上空發生碰撞事件有關，因為附近海域沒有合適機場，受傷的美軍EP-3電子偵察機必須降落到海南島，結果美方在此事善後談判中一直居於劣勢，甚至還認為中國大陸利用看押EP-3飛機的機會識破了機載電子偵察技術，因此美方積極遊說臺灣興建太平島機場，以應對今後的不時之需。不過，當年中美撞機事件發生在距海南島約110千米的空域，離太平島尚有幾百千米之遙，即使太平島有機場，受傷的美軍偵察機大概也飛不到，因此美方鼓吹臺灣興建太平島機場的說法令人存疑。2014年，臺灣又進行跑道強化工程，包括增設機場跑道助航燈光、跑道槽縫更新、增設儲（加）油設施及跑道路面排水等設施，工期一年。在此過程中，越南曾對臺灣提出“抗議”，菲律賓還故意轉向對中國大陸提抗議，這都說明它們真正害怕的還是臺軍重返極具戰略價值的太平島。
香港《亞太防務》雜誌指出，臺灣軍隊若重返太平島，將有效懾止越南、菲律賓的不軌舉動，同時又能與已在南海取得優勢地位的中國大陸形成客觀上的配合之勢，有助共同維護南海“祖業”。分析人士指出，目前擋在臺灣當局駐軍太平島政策前面的“暗礁”是美國，華盛頓內心不願兩岸因南海爭端聯手對外，從而影響美國對臺掌控和深度介入南海。
臺北出版的英文報紙《中國郵報》稱，早在2013年中國大陸與菲律賓展開南海黃巖島對峙後，臺灣“外交部”就表示：“菲律賓宣稱斯卡伯勒礁（即黃巖島）系其領土的做法屬於非法。”而針對臺灣當局要加強太平島防禦的舉措，中國大陸也表示支持的態度。近來，馬英九當局和在野的民進黨都表示支持臺灣島內CPC公司與大陸中海油聯手在南海開發油氣資源，隨著大陸深海鑽井平臺到南海開鑽，CPC與大陸同行在南海的能源合作關係勢必更加緊密。這一系列臺海兩岸互動都令美國深感不安，如果繼續下去，美國的“臺海牌”就可能廢掉，而在南海鼓動菲律賓、越南等國與中國大陸對抗，自己藉機將腳伸入南海的企圖也可能因兩岸聯手而出現變數。為防止這些不利於美國的情況出現，美國曾多次急不可耐地撕下“中立”的假面具，通過在臺協會（AIT）公開站出來阻撓臺當局加強在太平島的防禦能力。
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