正信的佛教，並不接受靈魂的觀念，因為這在緣起緣滅的理論上不能成立，站在“生滅無常”的立足點上，看一切事物都是生滅無常的，物質界是如此，精神界亦復如此。用肉眼看事物，往往會發生“成而不變”的錯覺，若用精密的儀器去看任何事物，無不都在剎那變化之中，易經所說的“生生”，其實在生生的背後，也包含著死死，也就是生滅變化。
1907年，美國馬薩諸塞州哈佛山的鄧肯·麥克杜格爾(Duncan MacDougall)醫生將六個奄奄一息的病人放到一個特製的床榻上，在他們離開人世的那一刻測量其體重。根據麥克杜格爾實驗結果，人死後的那一霎那的體重和死前比輕了21.3克。麥克杜格爾還在相同條件下對15條狗進行了測量，結果發現它們的體重並未發生可以察覺的變化。他通過這些實驗得出了這樣一個結論，即人的靈魂有重量，而狗確實沒有靈魂。麥克杜格爾的實驗曾發表於《紐約時報》和一些醫學雜誌上。
有趣的事實：麥克杜格爾在雜誌上抱怨說他不能找到死於自然原因的狗，有人由此懷疑他為了實施這個實驗毒死了幾條狗。另外，這些實驗還為一部名為《21克》的影片提供了創作靈感，該片由肖恩·潘擔綱主演。
後來更多的類似實驗表明，人死後，重量並未立刻減輕；目前最有可能的解釋是人在死亡過程中，體內細菌產生的熱氣體有時會逸出體外，使得秤臺上的空氣對流，導致指針移動。熱氣偶爾排出體外的說法，可解釋Duncan MacDougall的實驗結果：當空氣撞擊秤臺，重量就增加；當空氣離開秤臺，重量就減少了。因而Duncan MacDougall的實驗被視為錯誤，說法為偽科學。
對靈魂這個問題，晉朝阮宣子不相信人死後會變鬼，他的反駁角度很獨特：聲稱見過鬼的人說鬼魂穿著生前的衣服，難道衣服也有鬼嗎?東漢王充也曾反駁：如果死後靈魂不滅，死去的人要比活著的人多得多，現在應該到處都是鬼了。
部分科學家認為靈魂是主宰人的思想、行為、精神、感情等潛意識的一種未知的非物質因素，每一個人都有他獨特的靈魂，並能伴隨著其成長髮生變化，隨著個體的死亡消失。
生理醫學家證實：通過研究大腦神經細胞（神經元）突觸之間信息之間的傳遞，認為靈魂（意識）是大腦特定神經細胞的活動。
人一死，大腦活動終止，所謂的靈魂也就跟著消失。
這是靈魂不存在的科學依據。
卡爾薩根的解釋：瀕死體驗其實是對出生體驗的記憶回顧。
大腦有套處理信息的機制區分幻覺和現實。這套機制挑選最符合各種已有信息(穩定)的模型作為”現實”。莊周夢蝶，夢中大腦挑選”蝶”的身份作為現實，因為這個身份符合當時所有條件。而醒來後，同樣機制挑選“人”做身份，匹配環境和記憶。瀕死，感官信息來源被切斷，現實模型不穩定了。為了穩定現實模型，大腦只能用已有信息（記憶）構建現實。而記憶中的事件，有一個特點，都是鳥瞰視角。試著回憶上次在沙灘散步的場景，大部分人頭腦出現的是鳥瞰自己的畫面。於是瀕死體驗就是大腦生成的現實模型，這就是腦補假說。
瀕死體驗腦補假說解釋了離體感，認為舒適感是瀕死壓力刺激腦分泌安多分引起的，隧道感是視覺皮層噪音增加的結果，總之一切都可以用生物化學解釋。甚至還發現可以刺激大腦特定區域產生靈魂出竅感。這是往大腦裡塞了一百個電極，挨個區域測試測出來的結論。
研究人員首次創造外感知和內感知信號之間的衝突以誘發這種幻覺。“這顯示內感知信號對於自定位和自我認同感非常重要。” 海德里希說道。
研究自我感知的哲學家、德國美因茨約翰內斯古滕博格大學的托馬斯-梅岑格（Thomas Metzinger）對這項實驗印象深刻。“它告訴我們人類的自我意識深深受到了內感作用的約定，這種錨定的方式比之前人們承認的還要更強烈。”這項研究將發表在期刊《心理科學》上。
1962年，因為和其他科學家一起發現了DNA雙螺旋結構的弗朗西斯·克里克，1976年後，開始將他的研究方向正式轉向腦科學和意識。通過他一系列的研究，他堅信，獨立於身體之外的靈魂（意識）是不存在的，沒有生命就沒有了靈魂。克里克的研究是通過對大腦神經細胞（神經元）突觸之間信息之間的傳遞而得出結論的。他在1994年出版的《驚人的假說：對靈魂的科學研究》一書中說：“你的快樂和你的痛苦，你的記憶和你的雄心，你的個人身份和自由願意的感受，不過是一大群神經細胞及其相關分子的群體行為。”
也就是說，人的靈魂（意識）是大腦特定神經細胞的活動。
生物的進化能夠產生髮達的大腦、高超的智能、複雜的精神活動，卻不可能產生沒有物質基礎的靈魂。人類只是地球上億萬個物種中很成功、但也並不神奇的一個物種，與其他物種、特別是類人猿並不存在本質的區別。類人猿不僅在生理上,而且在心理上，都與人類不存在截然的界限。它們也是有感情、有語言能力、能推理的智能生命。如果人死後有靈魂，那麼就沒有理由不認為類人猿死後也有靈魂。那樣的話，天堂、地獄不僅要充斥著自古以來死去的人們，還要充斥著自古以來死去的猩猩、大猩猩、黑猩猩,
亞利桑那大學的斯圖亞特·漢姆拉夫用量子理論解釋了瀕死狀態。
2006年，漢姆拉夫參加了第一屆“超越信仰：科學、宗教、理性和倖存”的跨科學研討會，面對在座的物理學家，他介紹了自己的觀點，卻遭到尖銳批駁。
（他認為，意識的量子成分在人即將死亡之時離開了神經系統，進入了宇宙，如果人重新被救活，這些量子組成的意識會重新回來，而如果未被救活，則人的意識將以量子的形態在宇宙中永遠存在下去，也就是宗教中所說的靈魂。這種理論容易讓人聯想到宗教神學，類似哲學中的“唯心論”。）
當時在場的曾任奧巴馬科學顧問的著名物理學家勞倫斯·克勞斯待他講完後說：“從物理學角度說，你說的所有一切都是胡說八道，也許我太有禮貌了點。”現場一片鬨堂大笑，這讓漢姆拉夫非常尷尬。
科學界的質疑主要集中在這一方面，物理學家認為，量子態通常在低溫乾燥的情況下出現，而大腦過於潮溼暖和，不可能像量子計算機一樣工作。
麻省理工學院物理學家馬克斯·泰格馬克是這樣批駁漢姆拉夫的理論，他說，量子存在的微觀世界和宏觀世界幾乎是完全不相連的層面，量子態呈現的特性，不可能在宏觀世界中表現出來。
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