概念區別
保健食品：
藥品：
一般來說藥品並不適合長期或大量服用，甚至存在某些藥物的不良反應。此外，保健食品僅口服使用，而藥品可以注射、塗抹等途徑使用。藥品一般需要在醫生或藥師的指導下使用，中成藥及中藥飲片建議辨證施治，保證用藥安全。
廣告區別
保健食品廣告：
非處方藥廣告：必須標明非處方藥專用標識（OTC），和“請按藥品說明書或在藥師指導下購買和使用”的忠告語。還需標明藥品的通用名稱、藥品生產批准文號、禁忌證、藥品廣告批准文號、藥品生產企業名稱及廣告主名稱。（處方藥不得在大眾傳播媒介上做廣告）
不得出現下列情形：
1.含有藥到病除等不科學地表示功效的斷言或者保證，使用不恰當的表現形式，引起公眾對所處健康狀況、所患疾病產生不必要的擔憂或恐懼，或使公眾誤解不使用廣告宣傳的藥品會患某種疾病或加重病情。
2.誇大藥品的功能療效或者把藥品的功能療效神秘化。
3.含有“安全”“無毒副作用”等承諾的內容。
4.違反科學規律，明示或者暗示包治百病、適合所有症狀。
批准文號區別
保健食品批准文號：
國產保健食品為國食健注G+4 位年代號+4 位順序號；進口保健食品為國食健注J+4 位年代號+4位順序號。自2017 年開始，我國保健食品實行註冊和備案雙軌制。每個保健食品批准文號或備案號只能對應一個產品，如果消費者在市場上發現一個批准文號對應多個產品，務必要謹慎。消費者可登錄國家市場監督管理總局網站，在“數據查詢”欄目中查詢產品的真實情況。
藥品批准文號：
國產藥品為國藥準字H（Z、S）+8 位數字，其中H代表化學藥品，Z 代表中藥，S 代表生物製品。中國香港、澳門和臺灣地區藥品的《醫藥產品註冊證》證號格式為H（Z、S）+8 位數字，其中H代表化學藥品，Z代表中藥，S代表生物製品。進口藥品分包裝為國藥準字J+8 位數字。進口藥品的《進口藥品註冊證》證號格式為H（Z、S）+8 位數字，其中H代表化學藥品，Z代表中藥，S代表生物製品。
標識區別
保健食品：
必須有“小藍帽”標識。
非處方藥：
必須有OTC 標識。無OTC 標誌的批准文號是國藥準字的藥品都屬處方藥，必須在醫生指導下使用。
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